Per preparare gli strumenti chirurgici e gli strumenti medicali riutilizzabili il processo di disinfezione è una processo fondamentale. Utilizzare il disinfettante per strumenti chirurgici infatti riduce la quantità di germi e virus sugli strumenti e mette in sicurezza il personale sanitario durante il processo di pulizia. La disinfezione degli strumenti può avvenire o attraverso l'uso di disinfettante per strumenti ad immersione, cioè immergere gli strumenti in una vaschetta con una soluzione di disinfettante per strumenti o tramite l'utilizzo di disinfettanti spray.